สำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (สำนักงาน กปร.) เดิมเป็นหน่วยงานหนึ่งในกองวางแผนเตรียมพร้อมด้านเศรษฐกิจ สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ เรียกว่า สำนักงานเลขานุการ กปร.ยกฐานะขึ้นเป็นสำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (สำนักงาน กปร.) ในเวลาต่อมา แต่ยังสังกัดสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ

     ต่อมาวันที่ ๓ มีนาคม ๒๕๓๕ คณะรัฐมนตรี โดยนายอานันท์ ปันยารชุน นายกรัฐมนตรีได้มีมติอนุมัติในหลักการให้สำนักงาน กปร. แยกออกจากสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ โดยยกฐานะเป็นหน่วยงานระดับกรม สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี หัวหน้าส่วนราชการขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี และเมื่อวันที่ ๒๗ สิงหาคม ๒๕๓๖ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้มีพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ ๙) พ.ศ. ๒๕๓๖ ตั้งให้สำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ เป็นหน่วยงานระดับกรม สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี มีเลขาธิการเป็นผู้บังคับบัญชา มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ ๗ กันยายน ๒๕๓๖ เป็นต้น จากนั้นเมื่อวันที่ ๓ ตุลาคม ๒๕๔๕ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้มีพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. ๒๕๔๕ ในหมวด ๒๑ มาตรา ๔๖ (๔) ให้สำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ  เป็นส่วนราชการไม่สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี กระทรวง หรือทบวง มีฐานะเป็นกรม อยู่ในสายการบังคับบัญชาของนายกรัฐมนตรี