สำหรับจุดเริ่มต้นของการจัดตั้งสถานีฯ ห้วยแม่เกี๋ยงนั้น เกิดจากการที่ สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ได้เสด็จพระราชดำเนินไปทอดพระเนตรพื้นที่ลุ่มน้ำห้วยแม่เกี๋ยง ตำบลเมืองนะ อำเภอเชียงดาว จังหวัดเชียงใหม่ เมื่อวันที่ ๒๗ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๖ และทรงรับทราบเกี่ยวกับสภาพปัญหาในพื้นที่ จากการถวายรายงานของส่วนราชการที่เกี่ยวข้อง พระองค์จึงทรงรับพื้นที่ห้วยแม่เกี๋ยงไว้เป็นโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ เพื่อดำเนินการแก้ไขปัญหาต่าง ๆ ให้ลุล่วง

             พระราชเสาวนีย์ที่ได้พระราชทานถึงแนวทางในการแก้ปัญหา ความโดยสรุปคือ ให้จัดตั้งสถานีเกษตรที่สูงเพื่อเป็นวิทยาลัยชาวบ้าน โดยรับนักวิชาการเกษตรที่สำเร็จการศึกษาใหม่มาช่วยทำงาน เพื่อให้โอกาสแก่ผู้สำเร็จการศึกษาจะได้มีงานทำ ด้านปัญหาการใช้สารเคมีทาง การเกษตร ยาฆ่าหญ้า ฆ่าแมลง ของราษฎรในพื้นที่ ให้หาทางควบคุมและปรับเปลี่ยน เนื่องจากเป็นต้นเหตุให้ดินเสื่อมค่าและนำไปสู่การทำลายป่า สำหรับภูมิประเทศที่เป็นเขาสูง ในสภาพอากาศเย็น ทรงแนะนำให้ทดลองปลูกไม้ผลเมืองหนาว โดยควรปลูกพืชที่ให้เส้นใยสำหรับทอผ้า เช่น กัญชง เป็นต้น เพราะให้เส้นใยคุณภาพดี สามารถส่งเสริมให้เป็นพืชเศรษฐกิจได้ ส่วนด้านการอนุรักษ์สัตว์ป่า ให้เพาะเลี้ยง ไก่ป่า ไก่ฟ้า และเก้ง เพื่อปล่อยคืนสู่ป่า ด้านสัตว์น้ำให้ศึกษาว่าลำห้วยแม่เกี๋ยงมีสัตว์น้ำชนิดใดบ้าง จากนั้นให้หาทางเพาะเลี้ยงขยายพันธุ์ แล้วนำมาปล่อยเพื่อคืนความอุดมสมบูรณ์ให้แก่ลำห้วย